Attivo dal 1985 (Anno Europeo della Musica), è una struttura privata di Ricerca fondata e diretta da Domenico Morgante; la sua sede è a Monopoli (BA) in via M. K. Gandhi, 32.
L'Istituto è dotato di una Biblioteca di circa 10.000 volumi (tra saggi, riviste, opere enciclopediche, partiture, opuscoli, ecc.), divisi in varie sezioni (Musicologia e Storia della Musica, Organologia, Storia generale, Storia dell'Arte, Antropologia, Sociologia, Filosofia, Letteratura italiana, ecc.) e di un Archivio costituito, oltre che da materiale cartaceo di varia natura, da migliaia di microfilm e riproduzioni fotografiche di documenti di interesse musicologico dal sec. XV ai nostri giorni.
Tra le altre cose sono disponibili tutte le annate della "Rivista Italiana di Musicologia" dal 1975 al 2017 (67 volumi).
È presente, inoltre, una sezione "museale" (Collezione Morgante) costituita da strumenti etnici dei vari Continenti (Europa, Africa, Asia, Americhe, Oceania), in gran parte costruiti su commissione da artigiani nativi.
Nello studio del Direttore è installato un Organo a canne da studio (II/28), realizzato nel 1998 dalla fabbrica statunitense "Rodgers" (Hillsboro, Oregon) in collaborazione con l'azienda organaria "Consoli" di Locorotondo (BA), oltre a un Clavicembalo storico costruito da Salvo Amitrano (Roma, 1984) su modello di Giovan Battista Giusti (Lucca, 1680 ca.). Qui si svolgono periodicamente Master di Interpretazione e di Perfezionamento nello studio dell'Organo e del Clavicembalo, con particolare attenzione al periodo barocco.
L'attività di Ricerca dell'Istituto Mediterraneo di Musicologia, in un'ottica autenticamente interdisciplinare, è principalmente rivolta allo studio e all'analisi di fenomeni musicali, soprattutto pre-romantici, in stretta relazione alle tecniche d'indagine proprie della Sociologia e dell'Antropologia Culturale.